Bütün kesi yapılan cerrahi operasyonlarda olduğu gibi mini gastrik bypass ameliyatında da birtakım riskler mevcuttur. Bunların en başında bu ameliyatının tekrarının zor olduğunu söylemek mümkündür. Tekrar kilo alma gibi bir durumda yapılabilecek müdahaleler kısıtlı olur. Kapatılıp bırakılan mide dokusunu endoskopi ile kontrol şansı olmaz bu nedenle içeride oluşabilecek herhangi bir sorunun görülmesi, safra ve pankreas kanallarına müdahale edilmesi şansı yoktur.
Hastalarda daha uzun süreli, belki ömür boyu vitamin ve mineral eksikliklerine neden olabilir. Bu durum da yaşam boyu takviye alınmayı ve düzenli takip edilmeyi, testler ve tetkikler yapılmayı gerektirebilir.
Karaciğerde salgılanan safranın mideye kaçması gibi bir durumda yapısı değişen mide hızlı bir şekilde tahrip olur. Bu tür safra kaçmaları sonrasına mide reflüsü oluşumu gastrik bypass ameliyatının riskleri arasındadır. Bu nedenle reflüsü olan hastalara bu ameliyat uygulanmaz.
Ameliyat sonrasında hasta, doktorun vereceği tavsiyelere ve beslenme programlarına uymazsa aşırı kilo alma ve verme durumu görülebilir. Bu kontrolsüz aşırı kilo alımı ve verimi bünyede gerçekleştireceği hasarlar yüzünden başka hastalıkların ortaya çıkmasına sebebiyet verebilir.
Ameliyat sonrasında ilk aşama olan sıvı beslenme yüzünden bazı dönemler ishal gibi rahatsızlıklar ortaya çıkabilir.
Diğer birçok karın ameliyatlarında görülebilen kanama, enfeksiyon, ameliyat sonrası bağırsak tıkanıklığı, fıtık ve genel anestezi komplikasyonları mini gastrik bypass ameliyatında da görülebilen riskler arasındadır.
Riskler arasında en ciddi olanı mide ile ince bağırsak arasındaki bağlantıda oluşabilecek kaçak ve sızıntıdır. Bunun sonucunda ikinci bir ameliyata gereksinim duyulması mini gastrik bypass sonrası ikinci müdahale gibi bir durumunun pek mümkün olmaması yüzünden hasta açısından büyük bir risktir. Ayaklarda ve akciğerde kan pıhtısı oluşumu ve kardiyak problemler görülebilir.
Ameliyat öncesindeki beslenme düzeninden tamamen ayrı bir beslenme düzenine geçildiği ve daha küçük oranlarda yemek yendiği için bağırsak alışkanlıklarında değişiklikler olabilir. Tuvalet ihtiyacı normale kıyasla azalıp artabilir.
Bu ameliyatı geçiren hastaların yaklaşık %10 – 15’i bu komplikasyon ve risklerin bazılarını yaşarlar. Sık görülen komplikasyonlar kabul edilebilirdir ve tedavi imkanları bulunur ancak nadir görülen komplikasyonlar için aynı şeyi söylemek mümkün değildir.